Report 44 - Recent trends in SARS-CoV-2 variants of concern in England

Key info

Date:
20 May 2021

Authors:
Swapnil Mishra1, Sören Mindermann, Mrinank Sharma, Charles Whittaker, Thomas A Mellan, Thomas Wilton, Dimitra Klapsa, Ryan Mate, Martin Fritzsche, Maria Zambon, Janvi Ahuja, Adam Howes, Xenia Miscouridou, Guy P Nason, Oliver Ratmann, Gavin Leech, Julia Fabienne Sandkühler, Charlie Rogers-Smith, Michaela Vollmer, H Juliette T Unwin, The COVID-19 Genomics UK (COG-UK) consortium,  Yarin Gal, Meera Chand, Axel Gandy, Javier Martin, Erik Volz, Neil M Ferguson, Samir Bhatt1, Jan M Brauner, Seth Flaxman.

1Correspondence:
s.mishra@imperial.ac.uk, s.bhatt@imperial.ac.uk

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WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Modelling, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, Jameel Institute (J-IDEA), Imperial College London.

Summary

Since its emergence in Autumn 2020, the SARS-CoV-2 Variant of Concern (VOC) B.1.1.7 rapidly became the dominant lineage across much of Europe. Simultaneously, several other VOCs were identified globally. Unlike B.1.1.7, some of these VOCs possess mutations thought to confer partial immune escape. Understanding when, whether, and how these additional VOCs pose a threat in settings where B.1.1.7 is currently dominant is vital. This is particularly true for England, which has high coverage from vaccines that are likely more protective against B.1.1.7 than some other VOCs. We examine trends in B.1.1.7’s prevalence in London and other English regions using passive-case detection PCR data, cross-sectional community infection surveys, genomic surveillance, and wastewater monitoring. Our results suggest shifts in the composition of SARS-CoV-2 lineages driving transmission in England between March and April 2021. Local transmission of non-B.1.1.7 VOCs may be increasing; this warrants urgent further investigation.

Translations

2021年5月20日 - 伦敦帝国学院

报告44 - SARS-CoV-2变异株在英格兰的最新趋势
自2020年秋季出现以来，SARS-CoV-2变异株（VOC）B.1.1.7迅速成为欧洲大部分地区的主导谱系。同时，其他几个VOCs也在全球范围内被确认。与B.1.1.7不同的是，这些VOCs中，有一些拥有被认为是部分免疫逃逸的突变。了解这些额外的VOCs何时、是否以及如何在B.1.1.7目前占主导地位的情况下构成威胁是至关重要的。这对英格兰来说尤为重要，因为英格兰的疫苗覆盖率很高，对B.1.1.7的保护作用可能比其他一些VOCs更大。我们利用被动病例检测PCR数据、横向社区感染调查、基因组监测和废水监测，研究了B.1.1.7在伦敦和其他英国地区的流行趋势。我们的结果表明，2021年3月至4月期间，驱动英格兰传播的SARS-CoV-2系谱的构成发生了变化。非B.1.1.7 VOCs的本地传播可能正在增加；这紧急需要进一步的研究。

 

2021年5月20日 – インペリアル・カレッジ・ロンドン 

レポート44 - イングランドで懸念される新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）変異株の最近の傾向 
2020年秋に出現した新型コロナウイルスの懸念される変異株 (VOC) B.1.1.7は、ヨーロッパの多くの地域で急速に優勢な系統となりました。同時に、他のいくつかのVOCも世界中で確認されました。B.1.1.7とは異なり、これらのVOCの中には、部分的な免疫逃避をもたらすと考えられる変異を有するものがあります。現在、B.1.1.7が主流となっている環境において、こうしたその他のVOCがいつ、どのように脅威となるのかを理解することは非常に重要です。特にイングランドではワクチン接種率が高く、他のVOCよりもB.1.1.7に対する防御効果が高いと考えられます。私たちは、受動的症例検出PCRデータや、横断的地域感染調査、ゲノムサーベイランス、排水モニタリングを用いて、ロンドンやイングランドのその他の地域におけるB.1.1.7の流行の傾向を調べました。その結果、2021年3月から4月にかけて、イングランドで感染を引き起こしている新型コロナウイルスの系統の構成が変化していることが認められました。また、B.1.1.7以外のVOCの局所的な感染が増加している可能性があり、早急にさらなる調査が必要です。 

 

20 de mayo de 2021 – Imperial College London 

Informe 44: Tendencias recientes de las variantes de preocupación del SARS-CoV-2 en Inglaterra 
Desde su aparición en otoño de 2020, la variante de preocupación B.1.1.7 del SARS-CoV-2 se convirtió rápidamente en el linaje dominante en gran parte de Europa. Simultáneamente, se identificaron otras variantes de preocupación a nivel mundial. A diferencia de B.1.1.7, algunas de estas variantes poseen mutaciones que se cree que confieren un escape inmunológico parcial. Es fundamental comprender si estas variantes de preocupación adicionales suponen una amenaza en los entornos en los que B.1.1.7 es actualmente dominante, y entender asimismo cuándo y cómo pueden hacerlo.Este es especialmente el caso de Inglaterra, que cuenta con una alta cobertura de vacunas cuya protección sea probablemente mayor contra B.1.1.7 que contra otras variantes. Analizamos las tendencias de la prevalencia de B.1.1.7 en Londres y otras regiones inglesas utilizando datos de PCR de detección pasiva de casos, estudios transversales de infección comunitaria, vigilancia genómica y seguimiento de aguas residuales. Nuestros resultados sugieren cambios en la composición de los linajes del SARS-CoV-2 que impulsaron la transmisión en Inglaterra entre marzo y abril de 2021. La transmisión local de variantes de preocupación distintas de B.1.1.7 puede estar aumentando, por lo que es necesario realizar una investigación adicional urgente. 

 

20 mai 2021 – Imperial College London 

Rapport 44 – Tendances récentes des variants préoccupants du SARS-CoV-2 en Angleterre 
Depuis son émergence à l'automne 2020, le variant préoccupant (VOC) B.1.1.7 du SARS-CoV-2 est rapidement devenu la lignée dominante dans une grande partie de l'Europe. En même temps, plusieurs autres VOC ont été identifiés au niveau mondial. Contrairement au B.1.1.7, certains de ces VOC possèdent des mutations censées leur conférer un échappement immunitaire partiel. Il est essentiel de comprendre quand, si et comment ces autres VOC constituent une menace dans les milieux où le B.1.1.7 est actuellement dominant. Cela est particulièrement vrai pour l'Angleterre, qui a une couverture vaccinale élevée, probablement plus protectrice contre le B.1.1.7 que contre certains autres VOC. Nous examinons les tendances de la prévalence du B.1.1.7 à Londres et dans d'autres régions anglaises à l'aide de données PCR de détection passive des cas, d'enquêtes transversales sur les infections au sein des collectivités, de la surveillance génomique et du contrôle des eaux usées. Nos résultats suggèrent des changements dans la composition des lignées de SARSS-CoV-2 à l'origine de la transmission en Angleterre entre mars et avril 2021. La transmission locale des VOC autres que le B.1.1.7 pourrait être en augmentation, ce qui justifie des recherches supplémentaires en urgence. 

Report 44 – Tendenze recenti  nelle varianti VOC-SARS-CoV-2  in Inghilterra
Dalla sua comparsa nell’autunno del 2020, la variante VOC-SARS-CoV-2 B.1.1.7 è diventata la variante dominante in gran parte d’Europa. Allo stesso tempo, sono state identificate diverse altre VOC a livello globale. A differenza di B.1.1.7, alcune di queste VOC possiedono mutazioni che si ritiene conferiscano una parziale evasione immunitaria. È fondamentale capire quando, se e come queste VOC aggiuntive rappresentino una minaccia in contesti in cui B.1.1.7 è attualmente dominante. Questo è particolarmente vero per l’Inghilterra, che ha un’elevata copertura vaccinale che sono probabilmente più efficaci nel proteggere contro B.1.1.7 rispetto ad altre VOC. Qui, esaminiamo le tendenze nella prevalenza di B.1.1.7 a Londra e in altre regioni inglesi utilizzando dati PCR di rilevamento passivo dei casi, indagini trasversali sulle infezioni nella comunità, sorveglianza genomica e monitoraggio delle acque reflue. I nostri risultati suggeriscono che cambiamenti della composizione delle varianti di SARS-CoV-2 hanno determinato la trasmissione in Inghilterra tra marzo e aprile 2021. La trasmissione locale di VOC diverse da B.1.1.7 potrebbe essere in aumento; ciò richiede urgentemente ulteriori indagini.

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