Report 39 - Characterising COVID-19 epidemic dynamics and mortality under-ascertainment in Khartoum, Sudan
Key info
Date:
01 December 2020
Authors:
Oliver J. Watson, Nada Abdelmagid, Aljaile Ahmed, Abd Elhameed Ahmed Abd Elhameed, Charles Whittaker, Nicholas Brazeau, Arran Hamlet, Patrick Walker, James Hay, Azra Ghani, Francesco Checchi, Maysoon Dahab
1Correspondence:
o.watson15@imperial.ac.uk
WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Modelling, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, Abdul Latif Jameel Institute for Disease and Emergency Analytics (J-IDEA), in collaboration with the London School of Hygiene and Tropical Medicine, the Sudan COVID-19 Research Group, Sudan Youth Peer Education Network, and the Harvard T.H. Chan School of Public Health.
Summary
- A mitigated COVID-19 epidemic (slowing but not stopping epidemic spread) occurred in Khartoum between April and September 2020.
- In order to predict the trajectory of the emerging second wave, we estimate the level of mortality detected during the first wave and subsequently infer levels of immunity.
- Between April and September 2020, we estimate that 2% (sensitivity range 2% - 5%) of deaths due to COVID-19 were reported in official reported mortality numbers.
- We estimate there were 16,090 (95% CI: 14,300 - 17,990) undetected COVID-19 deaths up to 20 November.
- We estimate high levels of immunity after the end of the first wave of COVID-19 in Khartoum with 38.0% (95% CI: 35.0% - 41.1%) infected by 20 November 2020.
- Reductions in COVID-19 incidence during the first wave were due to both the implemented interventions and increasing immunity in the population.
- Interventions lead to a reduction in R from 3.5 to 1 by 20 April.
- The effective reproduction number continued to fall after 20 April, falling to 0.8 at the beginning of July due to increasing immunity.
- The ending of stringent suppression measures in July resulted in transmission increasing, with continued increases in mobility resulting in R rising above 1 during September.
- In the absence of further increases in transmission, we predict that the second wave will peak before the beginning of 2021.
- We project the second wave to be similar in size to the first wave sustained in the summer if transmission is maintained at current levels.
- If instead mortality under-ascertainment is at the upper end of our range (5%), then we estimate a smaller first wave. This means that fewer people will be immune and hence we would project a larger second wave.
- In the absence of implementing new suppressive measures, continued shielding of high-risk individuals is important to help reduce mortality during the second wave.
- Historic mortality investigations are needed to help confirm the level of mortality missed and to inform the trajectory of the second wave and how long shielding should be maintained.
Translations
中文 - Mandarin
2020年12月1日 – 伦敦帝国理工学院
报告摘要39:苏丹喀土穆的COVID-19流行动态及死亡率不确定性
• 2020年4月至9月之间,喀土穆的COVID-19流行持续减缓(减缓但流行病传播并没有停止)。
• 为了预测第二波疫情出现的轨迹,我们估计了第一波疫情期间检测到的死亡率水平,接着推论出免疫水平。
• 在2020年4月至9月,我们估计官方报道的死亡人数中,2%(敏感度范围为2%-5%)为COVID-19引起的死亡。
• 我们估计,截至11月20日,有16,090例(95%置信区间:14,300-17,990)未报告的COVID-19死亡人数。
• 我们估计,到2020年11月20日,喀土穆第一波COVID-19疫情结束后,免疫水平较高,其中38.0%(95%CI:35.0%-41.1%)居民被感染。
• 第一波疫情期间COVID-19发生率的下降是由于干预措施的实施及人群免疫力增强。
• 4月20日之前,干预使R值从3.5降低至1。
• 由于免疫力增强,有效再生数在4月20日之后继续下降,并在7月初下降至0.8。
• 严格的抑制措施于7月份结束,导致传播增加,并且随着流动性的持续增加,9月份R值升至1以上。
• 在传播没有进一步增加的情况下,我们预测第二波疫情将于2021年初之前达到峰值。
• 如果疫情传播保持在当前水平,我们预计第二波疫情的规模将与夏季持续的第一波疫情相似。
• 如果相反,不确定性的死亡率达到了我们范围的上限(5%),我们则估计第一波疫情规模较小。这意味着更少的人获得免疫,因此我们将预测第二波疫情的规模会更大。
• 在没有实施新的抑制措施的情况下,持续隔离高风险个体对于帮助降低第二波疫情的死亡率至关重要。
• 需要对过去的死亡率进行调查,以确认未报告的的死亡率水平,并预测第二波的疫情轨迹以及隔离的持续时间。
日本語 - Japanese
2020年12月01日 – インペリアル・カレッジ・ロンドン
レポート39概要 – スーダンのハルツームにおける新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の流行動態と死亡率の過小把握の特徴を明らかにする
- 2020年4月から9月の間に、ハルツームでCOVID-19の流行緩和状態(流行の拡大を遅らせているが止めてはいない状態)が発生しました。
- 私たちは、新たな第二波の軌跡を予測するため、第一波中に検出された死亡率のレベルを推定し、続いて免疫のレベルを推定しました。
- 公式に報告された死亡者数では、2020年4月から9月の間にCOVID-19による死亡者数の2%(感度範囲2%〜5%)が報告されたと推定されます。
- 11月20日の時点で、検出されなかったCOVID-19による死亡は16,090件(95%信頼区間:14,300~17,990件)であったと推定されます。
- ハルツームではCOVID-19第一波の収束後、2020年11月20日までに38.0%(95%信頼区間:35.0%~41.1%)の人々が感染し、高い免疫レベルが維持されていると推定されます。
- 第一波でのCOVID-19感染者数の減少は、介入措置の実施と集団的な免疫力増加の両方によるものでした。
- 介入措置により、4月20日までにRが3.5から1に減少しました。
- 実効再生産数は4月20日以降も減少を続け、免疫力の増加によって、7月初旬には0.8まで低下しました。
- 7月に厳しい抑制措置が終了したことで感染率が拡大し、移動の増加が続いたため、9月にはRが1を上回りました。
- 感染率のさらなる上昇がなければ、第二波は2021年初頭までにピークを迎えることが予測されます。
- 感染率が現在のレベルで維持される場合、第二波は夏に持続した第一波と同程度の大きさになると予測されます。
- その代わりに、もし死亡率の過小把握が上限(5%)であれば、第一波の推定値は小さくなります。これは、免疫のある人が少なくなることを意味するため、第二波はより大きくなることが予測されます。
- 新たな抑制措置が実施されない場合は、第二波での死亡率を抑えるため、リスクの高い人々を継続的に保護することが重要です。
- 見落とされた死亡率のレベルを確認し、第二波の軌跡や、どのくらいの期間保護を維持すべきかを知るには、過去の死亡率を調査する必要があります。
Español - Spanish
1 de diciembre de 2020 — Imperial College London
Informe resumido 39: Caracterización de la dinámica de la epidemia de la COVID-19 y la determinación insuficiente de casos de mortalidad en Jartum (Sudán)
- Entre abril y septiembre de 2020 tuvo lugar una epidemia mitigada de la COVID-19 (que ralentizó pero no detuvo la propagación epidémica) en Jartum.
- Con el fin de prever la trayectoria de la incipiente segunda ola, estimamos el nivel de mortalidad detectado durante la primera ola y posteriormente inferimos los niveles de inmunidad.
- Entre abril y septiembre de 2020, calculamos que el 2 % (rango de sensibilidad entre el 2 % y el 5 %) de los fallecimientos por la COVID-19 se incluyeron en las cifras de mortalidad oficiales.
- Estimamos que hubo 16 090 (95 % IC: 14 300-17 990) fallecimientos por la COVID-19 no detectados hasta el 20 de noviembre.
- Prevemos altos niveles de inmunidad tras el fin de la primera ola de COVID-19 en Jartum, con un 38,0 % (95 % IC: 35,0 %-41,1 %) de infectados hasta el 20 de noviembre de 2020.
- La reducción de incidencias de COVID-19 durante la primera ola se debió tanto a las medidas implementadas como a la creciente inmunidad de la población.
- Estas medidas dieron lugar a una reducción del número de reproducción (R) de 3,5 a 1 para el 20 de abril.
- El número de reproducción efectivo siguió disminuyendo después del 20 de abril, llegando a 0,8 a principios de julio debido al aumento de la inmunidad.
- El fin de las estrictas medidas de contención en julio dio lugar a un incremento de la transmisión debido al aumento continuado de la movilidad, lo que provocó que el R superase la cifra de 1 durante el mes de septiembre.
- Si la transmisión no sigue aumentando, prevemos que la segunda ola alcanzará su punto máximo antes del inicio de 2021.
- Estimamos que, si se mantienen los niveles actuales de transmisión, la segunda ola tendrá una magnitud similar a la de la primera ola experimentada en verano.
- Si, por el contrario, la insuficiente determinación de la mortalidad se encuentra en la franja superior de nuestro rango (5 %) estimamos que la primera ola fue de menor magnitud. Esto significa que menos personas serán inmunes y, por tanto, prevemos una segunda ola de mayor magnitud.
- En caso de que no se implementen nuevas medidas de contención, resultará fundamental proteger de manera constante a las personas de mayor riesgo para conseguir reducir la mortalidad durante la segunda ola.
- Es necesario realizar investigaciones históricas de mortalidad para poder confirmar el nivel de mortalidad no determinado, informar de la trayectoria de la segunda ola y explicar cómo mantener la protección a largo plazo.
Français - French
1er décembre 2020 – Imperial College London
Rapport de synthèse 39 – Caractérisation de la dynamique de l’épidémie de COVID-19 et de la sous-évaluation de la mortalité à Khartoum, Soudan
- Une épidémie de COVID-19 modérée (ralentissant, mais n’arrêtant pas la propagation épidémique) est survenue à Khartoum entre avril et septembre 2020.
- Afin de prévoir la trajectoire de la seconde vague émergente, nous estimons le taux de mortalité détecté pendant la première vague et en déduisons ensuite le niveau d'immunité.
- Entre avril et septembre 2020, nous estimons que 2 % (fourchette de sensibilité entre 2 % et 5 %) des décès liés à la COVID-19 étaient comptabilisés dans les chiffres de la mortalité déclarés officiels.
- Nous estimons qu’il y a eu 16 090 (IC de 95 % : 14 300 - 17 990) décès liés à la COVID-19 non détectés jusqu’au 20 novembre.
- Nous estimons le niveau d'immunité élevé après la fin de la première vague de COVID-19 à Khartoum avec 38,0 % (IC de 95 % : 35,0 % - 41,1 %) de personnes infectées jusqu’au 20 novembre 2020.
- Le recul de l’incidence de la COVID-19 pendant la première vague était dû aux interventions réalisées et à l'immunité croissante au sein de la population.
- Les interventions ont entraîné une baisse du R, qui est passé de 3,5 à 1 avant le 20 avril.
- Le taux de reproduction réel a continué à baisser après le 20 avril, passant à 0,8 au début de juillet en raison de l'immunité croissante.
- La fin des mesures répressives strictes en juillet a entraîné une hausse de la transmission, avec une augmentation continue de la mobilité, ce qui a fait que le R est passé au-dessus de 1 en septembre.
- En l'absence de nouvelles hausses de la transmission, nous prédisons que la seconde vague atteindra son pic avant début 2021.
- Nous prévoyons que la seconde vague sera de nature similaire à la première qui a eu lieu en été si la transmission est maintenue à son niveau actuel.
- Si la sous-évaluation de la mortalité se situe dans la tranche supérieure de notre fourchette (5 %), nous estimons alors une première vague de plus faible ampleur. Cela signifie que moins de personnes seront immunisées et donc, nous prévoyons une seconde vague de plus grande ampleur.
- En l’absence de nouvelles mesures répressives, il est important de continuer à protéger les personnes très vulnérables afin de réduire la mortalité pendant la seconde vague.
- D’anciennes enquêtes sur la mortalité sont nécessaires pour permettre de confirmer le taux de mortalité manqué, de fournir des informations sur la trajectoire de la seconde vague et de savoir comment une protection à long terme doit être maintenue à son niveau actuel.
Italiano - Italian
Report 39 – Caratterizzare le dinamiche epidemiche COVID-19 e la sottovalutazione della mortalità a Khartoum, Sudan
- Un'epidemia mitigata di COVID-19 (una diffusione rallentata ma non interrotta dell'epidemia) si è verificata a Khartoum tra aprile e settembre 2020.
- Al fine di prevedere la traiettoria dell’emergente seconda ondata, stimiamo il livello di mortalità rilevato durante la prima ondata e successivamente inferiamo i livelli di immunità.
- Tra aprile e settembre 2020, stimiamo che il 2% (intervallo di sensibilità 2% - 5%) dei decessi dovuti a COVID-19 sia stato riportato nei numeri di decessi riportati ufficialmente.
- Stimiamo che ci siano stati 16,090 (95% CI: 14,300 – 17,990) morti per COVID-19 non rilevate fino al 20 novembre.
- Stimiamo alti livelli di immunità dopo la fine della prima ondata di COVID-19 a Khartoum, con il 38.0% (95% CI: 35.0% - 41.1%) infettato entro il 20 novembre 2020.
- Le riduzioni dell'incidenza di COVID-19 durante la prima ondata erano dovute sia agli interventi implementati che all'aumento dell'immunità nella popolazione.
- Gli interventi portano a una riduzione di R da 3.5 a 1 entro il 20 aprile.
- Il numero di riproduzione effettivo ha continuato a diminuire dopo il 20 aprile, scendendo a 0,8 all'inizio di luglio a causa dell'aumento dell'immunità.
- La fine di rigorose misure di soppressione a luglio ha determinato un aumento della trasmissione, con continui aumenti della mobilità ed un conseguente aumento di R oltre 1 nel mese di settembre.
- In assenza di ulteriori aumenti della trasmissione, prevediamo che la seconda ondata raggiungerà il picco prima dell'inizio del 2021.
- Prevediamo che la seconda ondata sia di dimensioni simili alla prima ondata sostenuta in estate se la trasmissione viene mantenuta ai livelli attuali.
- Se invece la sottovalutazione della mortalità è al limite superiore del nostro intervallo (5%), allora stimiamo una prima ondata più piccola. Ciò significa che meno persone saranno immuni e quindi proietteremmo una seconda ondata più ampia.
- In assenza dell’implementazione di nuove misure soppressive, la continua protezione di individui ad alto rischio è importante per aiutare a ridurre la mortalità durante la seconda ondata.
- Sono necessarie indagini sulla mortalità storica per confermare il livello di mortalità mancato e per informare la traiettoria della seconda ondata e per quanto tempo deve essere mantenuta la protezione.
Arabic - العربية
01 ديسمبر 2020 - إمبريال كوليدج لندن
تقرير موج39: وصف ديناميكيات وباء كوفيد- 19والوفيات غير المرصودة في الخرطوم، السودان
· كانت موجة وباء كوفيد-19 التي اجتاحت الخرطوم بين أبريل وسبتمبر 2020 مخففة إلي حد ما (بمعنى أنها كانت بطيئة لكن انتشار الوباء لم يتوقف).
· خلال هذه الفترة، نقدر أن 2٪ (نطاق الدقة 2٪ - 5٪) من الوفيات الناجمة عن كوفيد-19 تم الإعلان عنها ضمن أرقام الوفيات المعلن عنها رسميًا.
· بافتراض أنه تم الإعلان عن 3٪ من الوفيات، فإننا نقدر أن هناك 16،090 (نطاق الموثوقية 95٪: 14،300 – 17،990) حالة وفاة لم يتم رصدها حتى 20 نوفمبر.
· في ظل هذا المستوى من التقدير في الأرقام المعلن عنها، فإننا نقدر أن تكون مستويات المناعة عالية بعد نهاية الموجة الأولى من كوفيد- 19في الخرطوم، حيث بلغت نسبة الإصابات 38.0٪ (95% نطاق الموثوقية: 35% - 41.1%) بحلول 20 نوفمبر 2020.
· كان الانخفاض في إصابات كوفيد-19 خلال الموجة الأولى راجعًا إلى التدخلات المنفذة وزيادة المناعة لدى السكان.
· أدت التدخلات إلى تخفيض رقم التكاثر الأساسي من 3.5 إلى 1 بحلول 20 أبريل.
· استمر رقم التكاثر الفعلي في الانخفاض بعد 20 أبريل، حيث انخفض إلى 0.8 في بداية يوليو نتيجة لزيادة المناعة.
· أدى إنهاء إجراءات الإغلاق الصارمة في يوليو إلى زيادة نسبة الإصابات في ظل ارتفاع حركة التنقل، مما أدى إلى ارتفاع رقم التكاثر الفعلي فوق 1 خلال سبتمبر.
· في ظل عدم وجود زيادات أخرى في معدل انتقال المرض، نتوقع أن تبلغ الموجة الثانية ذروتها قبل بداية عام 2021.
· نتوقع أن تكون الموجة الثانية مماثلة في الحجم للموجة الأولى التي ضربت البلاد في الصيف، إذا ما بقي معدل انتقال العدوى عند المستويات الحالية.
· إذا كان معدل الوفيات غير المرصودة يتوافق مع أقصى درجة لنطاق توقعنا (5٪)، فإننا نقدر أن تكون الموجة الأولى هي الأقل من حيث عدد الوفيات. وهذا يعني أن عددًا أقل من الناس سيكونون محصنين، وبالتالي فإننا نتوقع أن تكون الموجة الثانية أشد قوة.
· في ظل عدم تنفيذ تدابير جديدة لمنع تفشي الوباء، سيكون من الضروري توفير تدابير وقائية مستمرة للأفراد المعرضين لخطر كبير وذلك للمساعدة في تقليل الوفيات خلال الموجة الثانية.
· من الضروري إجراء تحقيقات حول الوفيات السابقة للمساعدة في تأكيد معدل الوفيات غير المعلن عنها، وللتعرف على مسار الموجة الثانية وطول المدة التي يجب تنفيذ التدابير الوقائية فيها.
01 ديسمبر 2020 - إمبريال كوليدج لندن
تقرير موج39: وصف ديناميكيات وباء كوفيد- 19والوفيات غير المرصودة في الخرطوم، السودان
· كانت موجة وباء كوفيد-19 التي اجتاحت الخرطوم بين أبريل وسبتمبر 2020 مخففة إلي حد ما (بمعنى أنها كانت بطيئة لكن انتشار الوباء لم يتوقف).
· خلال هذه الفترة، نقدر أن 2٪ (نطاق الدقة 2٪ - 5٪) من الوفيات الناجمة عن كوفيد-19 تم الإعلان عنها ضمن أرقام الوفيات المعلن عنها رسميًا.
· بافتراض أنه تم الإعلان عن 3٪ من الوفيات، فإننا نقدر أن هناك 16،090 (نطاق الموثوقية 95٪: 14،300 – 17،990) حالة وفاة لم يتم رصدها حتى 20 نوفمبر.
· في ظل هذا المستوى من التقدير في الأرقام المعلن عنها، فإننا نقدر أن تكون مستويات المناعة عالية بعد نهاية الموجة الأولى من كوفيد- 19في الخرطوم، حيث بلغت نسبة الإصابات 38.0٪ (95% نطاق الموثوقية: 35% - 41.1%) بحلول 20 نوفمبر 2020.
· كان الانخفاض في إصابات كوفيد-19 خلال الموجة الأولى راجعًا إلى التدخلات المنفذة وزيادة المناعة لدى السكان.
· أدت التدخلات إلى تخفيض رقم التكاثر الأساسي من 3.5 إلى 1 بحلول 20 أبريل.
· استمر رقم التكاثر الفعلي في الانخفاض بعد 20 أبريل، حيث انخفض إلى 0.8 في بداية يوليو نتيجة لزيادة المناعة.
· أدى إنهاء إجراءات الإغلاق الصارمة في يوليو إلى زيادة نسبة الإصابات في ظل ارتفاع حركة التنقل، مما أدى إلى ارتفاع رقم التكاثر الفعلي فوق 1 خلال سبتمبر.
· في ظل عدم وجود زيادات أخرى في معدل انتقال المرض، نتوقع أن تبلغ الموجة الثانية ذروتها قبل بداية عام 2021.
· نتوقع أن تكون الموجة الثانية مماثلة في الحجم للموجة الأولى التي ضربت البلاد في الصيف، إذا ما بقي معدل انتقال العدوى عند المستويات الحالية.
· إذا كان معدل الوفيات غير المرصودة يتوافق مع أقصى درجة لنطاق توقعنا (5٪)، فإننا نقدر أن تكون الموجة الأولى هي الأقل من حيث عدد الوفيات. وهذا يعني أن عددًا أقل من الناس سيكونون محصنين، وبالتالي فإننا نتوقع أن تكون الموجة الثانية أشد قوة.
· في ظل عدم تنفيذ تدابير جديدة لمنع تفشي الوباء، سيكون من الضروري توفير تدابير وقائية مستمرة للأفراد المعرضين لخطر كبير وذلك للمساعدة في تقليل الوفيات خلال الموجة الثانية.
· من الضروري إجراء تحقيقات حول الوفيات السابقة للمساعدة في تأكيد معدل الوفيات غير المعلن عنها، وللتعرف على مسار الموجة الثانية وطول المدة التي يجب تنفيذ التدابير الوقائية فيها.